PFA和PTFE这两种含氟聚合物有一些明显的性能上的差异,要选择合适的工艺上的聚合物,烷氧基取代基上的差异可以使PFA通过传统的注射制模和螺杆挤出的工艺来进行熔断加工,而PTFE则不能和PFA一样加工,PFA材质的加工灵活性更高,但是PFA的弹性寿命比PTFE更低,因为制造的产品不能承受住反复的折叠。PTFE具有较高的耐热性,但是流动性、蠕变性、热稳定性相对来说要缺乏一些。
PFA和PTFE的熔点分别为260摄氏度和327摄氏度,吸水率和风华作用的影响对PFA要大于PTFE,但是PFA的耐盐雾性能要高于PTFE。
两种含氟聚合物最明显的特征是介电强度,PFA的介电强度则是PTFE的3到4倍。